新型コロナウイルス (2019-nCoV) の急速な感染拡大に対応するために、多くの研究者が、SNSやブログや即席の電子メールのスレッドなど非伝統的な方法で即座に知見を共有しています。ツイッターへの最近の投稿は、bioRxivには 2019-nCoV に関する 300以上のプレプリント (査読前の論文原稿) があることを指摘し、研究者による検証を呼びかけています。私達の研究室に対する直接の要請は、MAFFT配列アラインメントソフトウェアが適切に使用されているか確認することです。私達は、この問題への対応といくつかの追加的な支援を行うことができます。
1. MAFFTソフトウェアは 2019-nCoV の解析のために頻繁に使われています。例えば、査読された論文では:
このような解析それぞれについて、私達が同じ入力配列を用意して個々の配列アラインメントを再現するのは困難です。そこで、配列アラインメント手法の検証と、解析の円滑化の両方の目的で、2019-nCoV の解析に携わっている研究者から配列データを受け付け、(時間と計算資源の許す範囲で) MAFFTを用いた配列アラインメントと系統推定の準備を支援します。
2. 2019-nCoVに感染した患者の B細胞受容体 (BCR) とT細胞受容体 (TCR) の配列を決定することによって、このウイルスに対する免疫反応に関する有用な情報が得られるかもしれません。私達は、そのような BCRまたはTCRレパトアデータを受け付け、私達のまたは外部のツールを使って、2019-nCoVに反応するBCRまたはTCRの同定を試みます。
もし、関連する配列データをお持ちで以上のような解析を希望される場合は、以下のフォームを使ってご連絡ください。
最初のご連絡には、データ自体やデータへのリンクを含めないでください。ご連絡を受けた後、データへのアクセス方法と詳細な情報について伺います。